为什么科学家需要开始更好地管理数据

Nebulab (一家为科学家建立数据管理平台的本地技术公司)首席执行官Guillermo Vela向得克萨斯大学圣安东尼奥分校健康科学中心的研究生和博士后致辞,谈到实施数据管理计划的重要性。

“你们当中有多少人非常自信,他们可以相对轻松地找到,理解十年,五年甚至三年前的数据?” Vela问学员。

Vela解释说,科学家今天需要开始满足数据管理需求的一个紧迫原因是因为科学正在经历数据泛滥。

在过去的二十年中,许多实验室仪器已经变得更加复杂和价格可承受,结果,越来越多的实验室正在以前所未有的速度生成数据。 Vela解释说,即使是资金最雄厚的机构,也将无法发展其IT基础架构来满足现代研究需求。

“我们正在生成大量数据,以至于我们甚至都不知道如何存储或共享……例如,到2025年,仅基因组学领域预计每年将产生多达40艾字节的数据,或大约比Twitter和YouTube的总和多出20倍。”他说。

一种

数据管理如此重要的另一个原因是实验的可重复性。 随着现代科学变得越来越复杂,正确跟踪所有实验细节至关重要。

“在科学上,单独访问文件是没有意义的。 我们还需要访问所有必要的上下文,以便能够理解,验证并潜在地复制我们正在查看的内容。” Vela说。

Vela解释说,随着制药公司开始在学术研究中寻找商业化机会,临床前研究中不可重复性的真正程度得以揭晓。

他们认为这是削减内部R&D支出的一种方法,但是不幸的是,制药公司在尝试验证来自学术机构的有希望的研究方面面临巨大的挫折。 目前,估计有50%至90%的临床前研究是不可再现的。

“可重复性对于翻译科学来说是一个巨大的问题-有时造成这种情况的原因是普遍的和愚蠢的,就像一个研究生离开实验室而没有人能够找到或理解该人的数据一样。”

Vela建议适当的数据管理对于诸如圣安东尼奥的德克萨斯大学健康科学中心之类的转化研究机构尤其重要,因为无法验证的研究不能转化为临床应用和疗法。

他还解释说,当今大多数科学家通常都依靠自己的Google云端硬盘和Dropbox帐户来存储数据。 这意味着,当他们离开实验室时,数据通常随身携带。

“ [不当的数据管理不只是技术问题。 这也是人类的问题。 实验室笔记本仍然可以使用,但是对于大多数人来说,笔记本已经相当于便利贴。”他说。

“仅靠技术无法解决我们的数据管理问题。 我们还需要更加了解我们的习惯,引入更好的培训,并努力保持更详细的记录。”

最后,Vela解释说,对于科学家来说,学习和实践适当的数据管理非常重要,因为NIH和NSF等供资机构现在每次申请拨款时都需要数据管理计划。

资助机构和出版商都将数据管理计划视为提高研究透明度,可重复性和可访问性的一种方式,而资助资格将取决于它们。

这是他的一些最佳技巧。 有关其他参考以及如何制定自己的计划的帮助,请访问此链接。

1)提前计划

考虑一下您可能会生成多少数据,将在何处存储数据以及这些存储成本可能是多少。 数据将存储在机构服务器还是外部硬盘驱动器上? 您是否可以将副本保留在Dropbox或Google云端硬盘上,如果可用存储空间用完了怎么办? 重要的是,您计划如何在发布后公开提供主要数据? 您的研究数据类型可能已经存在公共存储库。 另外,像Figshare,Dryad或Dataverse Project这样的网站也可以提供替代方案。

2)坚持文件命名约定

不要为文件DSC200004加上标签,而是找出整个实验室都知道的标签约定,这样当您离开时,他们将能够轻松提取所需的文件。

3)添加自述文件

将它们保存在项目和实验文件夹中是一种简单的方法,可以帮助人们弄清楚如何更有效地浏览数据

4)备份您的数据

始终备份数据,并确保备份不在原始数据旁边。 Vela提到了一位研究人员的案例,该研究人员将数据备份保存在一个外部硬盘驱动器上,并与笔记本电脑一起放在背包中。 有一天,她的背包被盗,导致多年的数据丢失。 请勿将这些外部硬盘驱动器放在您正在使用的计算机旁边。 如果实验室发生化学火灾或紧急情况怎么办? 云存储是保留备份的好方法。

5)避免数据锁定

确保选择用于数据管理的工具和软件提供了一种简便的方法来检索或导出数据,以防制造商或产品停业或过时。

6)吸引管理员

询问您的PI,部门负责人和行政办公室如何处理数据存储和长期数据保存。 是否已有实验室或机构计划?

7)使用云

许多人对云保持警惕,但现实是您的数据通常在云中更安全,就像您在银行中的钱更安全一样。 入侵您的个人计算机比入侵云提供商要容易得多。 同样,您的计算机更容易崩溃,而对于像Amazon,Google或Rackspace这样的云存储提供商来说,丢失数据几乎是不可能的。

8)解决隐私问题

使用云和软件提供商时,请务必阅读条件条款。 例如,某些数据类型应仅存储在符合HIPAA的云存储上,并且必须取消标识。