科学+ IT = BioSeek

作者:生物物理学博士候选人Yana Nencheva

BioSeek研究发现合作

让我们想象一下一个决定将自己奉献给科学的受过教育的爱好者的工作流程。 由于最谦虚,我不使用标签“科学家”,尽管我认为对于旁观者来说,这似乎是最正确的。

让我们想象一下我们的发烧友。

发烧友上床晚了。

他睡得不好。 他做了一场噩梦,第六次参加生化考试。

凌晨7点,闹钟的欢乐曲调“达斯·维达(Darth Vader)走在大厅里”停止了发烧友的痛苦。

刚喝完第一杯咖啡,他就意识到自己九年前参加了该死的考试。

刚喝完第一杯咖啡,他就意识到自上次实验失败以来已经过去了一个月左右(+/- 3)。 没有其他试剂可以重复进行该实验,这可能会破坏他的科学理论。 实际上,问题不在于试剂难于制造。 试剂的交付需要这么多时间。

这位年轻爱好者的第一个见解是,一个基因的分离可能会使他的外国基因工程合作教授从两小时到三天不等,但是由于运输服务的高度特异性和行政管理上的多样性,交货时间可能要从两小时缩短到三天。三个月。

实际上,他不介意等待三个月。 无论如何,他参与这个科学问题已有9年了。 他担心自己会错过自己机构的行政截止日期。 这就是为什么他将整天阅读出版物-希望找出为什么他的实验失败了的原因。

让我们总结每一篇论文,每一篇科学文章: 一项科学工作,都始于提出全球性问题。

引用来自世界各地同事的各种文学资源,不只是证明一个人读过多少书。 没有。

这是对问题的真正洞察力和深刻知识的展示,它显示了对他人科学工作的支持和尊重。 展示科学工作不仅是提供有关已完成任务和方法的报告。 这是关于促进有效的沟通,最终将导致一个痛苦的公共问题的实际解决方案

一群年轻的保加利亚IT专家受到科学研究过程的重要性的启发,将他们的精力引导到为科学家构建完全免费的软件上。 生物搜索 是在几位科学家的帮助下创建的,其中包括索非亚大学圣路易斯分校生物学系Rumen Pankov教授。 克里门特·奥赫里斯基(Kliment Ohridski)。

BioSeek Reader和BioSeek浏览器扩展

令人印象深刻的有两种工具:BioSeek Reader和BioSeek Browser Extension。

它们将平台数据库中包含的分析能力和知识带到任何一个文档(包括PDF格式),并且带到该领域的许多最重要和最负盛名的在线资源,例如Nature,Elsevier,Science Magazine等。 。

该软件直接在文本中标记任何相关术语 ,并将其显示在屏幕的侧面,从而可以直接访问网络上所有可用的随附信息。

现在是时候想象一下,在狂热者入睡之前,在我们发烧友的计算机屏幕上,令人震惊的,不熟悉的基因,蛋白质和缩写词的开放网页的数量。

免费下载BioSeek Reader和Browser Extension

搜寻一下

为了描述搜索的优势,让我们想象一个生物学家如何用Google搜索“ ATP”来查找有关三磷酸腺苷的信息,但是他得到了与网球运动员协会有关的结果。

三磷酸腺苷搜索

但是,当发烧友在BioSeek上搜索“ ATP”时,他不仅会得到他所希望的,而且他会

选择搜索对象后,不仅会在右侧面板中显示有关文章的其他信息,而且还可以直接访问整个数据库,以及与之相关的所有专利,授权,临床试验,大学等。

ATP结合盒带转运蛋白搜索

自动生成图

有不同的自动生成的图。 例如,一个图表显示了有关给定主题的科学出版物的数量。 可以在文献概述中使用此信息来支持给定的陈述。

ATP结合盒式转运蛋白–单击时间轴

引文

多年来,有可能查看对数刻度和每篇文章的引用次数,并且发烧友可以单击引用最多的点。 文章标题,摘要,源链接,DOI编号及其内容的统计信息将显示在屏幕右侧的右侧面板中。 他可以从自己喜欢和可以使用的任何来源下载它。 Bio Seek并非旨在成为文章下载的媒介。 这是一个 专门的科学搜索门户。

ATP结合盒式转运蛋白—单击CITATION

ATP结合盒式转运蛋白—单击被引用次数最多的点

查找探索最多的基因,生物,药物,过程和疾病

爱好者可以使用BioSeek搜索来获得对探索最多的基因,生物,药物,过程,疾病的定量分析,并可以根据自己的标准缩小搜索范围。

ATP结合盒式转运蛋白—单击“分析”

ATP结合盒式转运蛋白—单击分析,流

哦,华丽的群集

美丽的功能之一是聚类分析。 它直观地显示了在同一篇文章中检测到哪些基因,疾病等。 无需赘言,这对于发现意外的连接有多么重要以及它可以带来什么。

ATP结合盒式转运蛋白—单击“分析,聚类”
ATP结合盒带转运蛋白可聚集YouTube视频

可以直接选择可能使我们的发烧友感兴趣的新聚合的互连对象,以使搜索范围变得更窄。

ATP结合盒式转运蛋白,ABCG2,遗传易感性疾病搜寻

不要卡住您的下载文件夹

在每篇文章下,您都可以找到所包含对象的结构化概述:与之相关的引用次数,作者,资助计划,处于不同阶段的专利,疾病,药物等。 简而言之, 您需要做些什么,以便就是否阻塞下载文件夹做出明智的决定。

ATP结合盒式转运蛋白并查看出版物

例如,甚至与特定主题的阅读障碍有关的大学活动都是可以跟踪的。 图形中的颜色越饱和,大学的出版物就越多。

找到阅读障碍,然后单击分析,地图

寻找未知基因

另一个显着的功能(仍在开发中)是执行多组件搜索的可能性。 这是什么意思? 让我们以TP53基因为例。 我们想找到我们不知道的相关文章,疾病和其他基因。 从字面上看,我们将基因和一些陌生的元素放入了董事会。 我们使用箭头连接所需的元素,然后运行搜索,软件将提供过滤后的结果。 然后,我们决定添加要与未知文章关联的未知疾病。 在本例中,我们发现TP53基因与myc307基因连锁好吧,有片刻的惊喜。

登录并找到您的未知基因

映射你的想法

我们不能不提到BioSeek的另一个(非常有用的)功能:以他保存的搜索为起点,我们的发烧友可以创建思维导图以确保他不会忘记任何东西。 因为已经有了一些灵感,所以从几个方面开始,他就无法停止。

登录并思维导图您的工作流程

登录并思维导图您的工作流程

让我们谈谈科学

其他功能,经过深思熟虑,是有关已保存搜索和集成Messenger的通知。 您不必一次又一次地搜索给定的条件组合, 只需保存它并决定您希望多久收到一次有关新颖性的通知。 您也不必下载并附加附件,您只需在聊天中添加文章即可,您的同事只需单击一下即可查看它。

登录并谈论科学

维恩图作为MUSE

来自 BioSeek 团队IT专家 创建了一个新功能,旨在根据 维恩图 进一步帮助致力于科学的人们

在此处了解更多信息:作为MUSE的维恩图

BioSeek的首席执行官Rossen Genchev表示,在不久的将来,BioSeek路线图即将进行的改进之一是有针对性地寻找医疗专业人员。 例如,如果胃肠病学家对胃肠病学新闻感兴趣并且正在搜索相关的科学出版物或附属计划,则他将不会获得与颌面外科手术有关的信息。

在几个月内,BioSeek还将汇总有关以下方面的信息:

  • 蛋白质间相互作用(https://string-db.org/),
  • 化学反应(https://www.genome.jp/kegg/reaction/),
  • 小分子途径(http://smpdb.ca/)
  • 基因表达(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems/)

总结一下:说BioSeek团队正在尽最大的努力,专注和关注细节,以最大可能地促进科学家的工作过程中的这一方面,这并不是夸大其词,这样热情就不会不要失眠

享受该平台的所有优势 ,您可以在以下链接免费注册:
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