“维杰·潘德。 那是莉莲在斯坦福大学的博士后顾问，”亚当说。
“另一端的布鲁斯·提多（Bruce Tidor）–她在麻省理工学院的本科生导师。”
“哦，有Martin Karplus，” Corinn指着他在Tidor上方两层的小名字框，在大片的名字中。
“是的，”亚当说。 “他与另外两个发明的医学博士一起。 在13年获得了诺贝尔化学奖。”
“什么是医学博士？”我问。
“分子动力学”。
“哦，当然。”我的脸有些发红。 分子动力学（或MD）是实验室中的一切。 现在，6月初，我在那里待了大约三个星期，以为我会再听到几次这个缩写词。 MD是分子事件和过程的绘制和模拟。 听到用计算机模拟进行的实验并不少见，就像人们可能会猜到的那样，是在计算机上进行的实验。 结果本质上是一部电影。 模拟了对于肉眼来说太小和太快的生物过程，甚至对于显微镜来说，结果都是一个视频，在该视频中，可以看到每个最后的原子在空间中移动的过程。 亚当，科林和我坐在Eberly Hall的实验室中，浏览了MD的前任和后任-Lillian的博士学位。 祖先。 那棵大树，凝视着所有的名字，让我感到敬畏和不敬。 就像在an告上读名字一样； 您读了一个名字，可能会想知道甚至对他们一点儿了解，但是您知道知道他们的名字或与谁有关系，实际上对他们的真实身份并没有公正性。
“哦，好，”-我指着左上方-“好，就在那儿。 尼尔斯·波尔（Niels Bohr）。 他又是谁？ 他的名字听起来很耳熟。”
“科学家，”科林说。
亚当说：“是的，我听说莉莲与他有某种联系。”
“还有伦纳德·琼斯。 像伦纳德·琼斯的潜力一样。”科林说。
我看到了UCSF Lillian的顾问Peter Kollman。 我对他了解不多，但我想起了莉莲（Lillian）十分喜欢他的时候。
监视器的右上角是一个向下滚动的标签，上面写着：Tree Length。
“等等，点击它。”我说。
Corinn点击了标签。 出现一个带有列表的下拉列表：四行，五行，十行。
“点击十。”
树在屏幕上的大小保持不变，但滚动条变小了。 这棵树长大了，花了许多筛子把它装进树内，线条向两侧伸展开来，并向上延伸到越来越老的化学家。
“有莱纳斯·鲍林。”
我说：“真是太神奇了，有一天，人们将在这个祖先中滚动，并震惊地发现他们与你们两个有关系。”
Corinn昂首阔步，笑了起来。 “哦，对了，我们会看到的。”
“你不觉得Karplus和Bohr也许也笑过吗？”
“谁知道？ 让我们来看看这个家伙。”科林说，他在侧面搜索中点击了一个随机的名字。 屏幕加载完毕，然后在树字段中弹出他的名字。 我们等待他的树被加载-然后意识到它已经加载了。 我们互相看着对方，然后大笑起来。
“哦，他一定已经授予了自己的博士学位。”科林说。
“哦，是的，”亚当说，“没有顾问能胜任他。 他必须成为自己的。”
“你认为他在论文上给自己一个艰难的时刻吗？”我问道。 “我想知道他必须捍卫多少次。”
我们回到了莉莲的博士学位。 并被更多的科学家细读：我从未认识或认识的人。 但是我确实认识的人的祖先。 科林和亚当的祖先。 阿里的祖先像往常一样沉思地坐在沙发上，以蛮横的方式教他年轻的padawan Gabe。 Matt的祖先与Adam一起开发了抑癌蛋白p53与蛋白MDM2的第一个结合途径模拟； 癌症初期的重要生物学途径。
还有莉莲（Lillian），她不是用沉重的手而是优雅地管理着她的实验室。 Corinn和我偶尔会谈论她，互相嘲笑没有人比她好。 那时，当我们加入她的实验室时，我们知道，被爱比受恐惧更好。 只要他们取得令人满意的进步，实验室成员就可以在白天随意来去。 而且我不相信我看到过比Lillian实验室的研究人员更有野心和更艰苦的职业素养的研究人员。 莉莲（Lillian）为工作提供了建议和批评，但绝不贬低或伤害他人。 总是令人鼓舞，无论走到哪里，她都散发着积极的气氛。
这些也是卡尔的祖先。 现在住在威斯康星州，我在Google Hangouts上采访了他，他在实验室中为力场开发所做的工作。
“你在哪里长大的？”我突然问。 这是我的第一次采访，我还没有通过对话而不是快速提问来学习采访的技巧。
“读书，宾夕法尼亚州。”卡尔说。
“你小时候在做什么？ 喜欢爱好吗？”
“玩电子游戏。”
我曾经听说过，而且的确是，他很私密，或者至少对回答个人问题不感兴趣。 莉莲告诉我，几年前的一个星期一早晨，他走进办公室，向实验室宣布自己已经结婚。 原来，许多人甚至都不知道他正在约会。
但是一旦我和他一起进入科学领域，就很难跟上。
“您能告诉我开始您的研究的“失败”到底是什么吗？”
“这是对盐桥相互作用的修正。 必须重写它们，因为我们发现静电力场的参数比它们的实验值强得多。 我们使用了多种氨基酸侧链来尝试使新参数适合实验值。”
“那么你是说盐桥之间的结合太牢固了吗？”
是的。 电荷的库仑相互作用被建模为两个静电点电荷。 事实证明，这是一种过分简化的过程，并且过分简单了，因此我们必须对电子密度的极化进行建模，而不是对简单的静电进行建模。”
“你说所有的力场都是牛顿的。 对于极化力场，这显然不再成立。”
“但是它仍然使用牛顿第一定律，F = ma。 但是，是的，极化是一种量子现象。 牛顿的力量，在这种情况下是库仑力，已经不够精确。”
我与卡尔交谈了大约一个半小时，学习了所有我能缠住我的头，并逐字记录了所有我无法做到的事情。 在Karl的工作过程中，AMBER蛋白质模型经历了两个新的发展，从AMBER ff13ipq到15。AMBER模型是一种在计算机空间中渲染蛋白质的软件。 它们是产生用于模拟的蛋白质的代码。 这些模型的开发仅仅是此渲染软件的改进； 它们使模型更像蛋白质，就像它们在现实世界中在我们的身体中出现一样。
“模型的系统发育有点像生活。 琥珀色ff13ipq继续产生ff14ipq。 然后进行一些工作，从ff14ipq生成ff15ipq。 这是一个血统，它一直分支直到两个随机的蛋白质模型与一个共同的蛋白质模型亲本几乎没有共同之处。”
“因此，这是绑定参数的演变。 不粘的怎么样？”
“其中许多人保持不变。 显然，库仑定律被削弱了。 我认为，大多数相同的代码都可以追溯到90年代。 它们很难开发-将所有这些AMBER模型联系在一起。”
有时，卡尔会松懈，显然很乐意讨论和剖析力场重新参数化的主题。 他会陷入参数和代码的杂草丛生。 很多东西会笼罩我的头。 我在采访中意识到，他还没有提到其他人谈论他的研究。 我开始把他看作是一个古怪的，孤独的，疯狂的天才，他无与伦比的敏锐度并且不需要同伴。
我很好奇 “在开发这些力场时，您有任何帮助吗？”
他茫然地看着我。 然后他笑了。 “哦，我有很多。 许多人参与了这个项目，但您可以说大部分工作在我和Dave之间平均分配。”
在这一点上，我已经在实验室中几次听说过戴夫。 Dave居住在新泽西州，目前在罗格斯大学从事研究工作。 他从未在Lillian的实验室工作过，但他与Karl合作开发了AMBER蛋白模型。 根据我的理解，戴夫是硬币的另一面。
因此，大约一个月后的7月初，我登录了Google视频群聊，并与Dave进行了交谈。 我说：“所以我想知道您能否告诉我一些有关您成长的地方的信息。”
“我在洛斯阿拉莫斯（Los Alamos）长大，那里有一群聪明，有钱的人，”戴夫w地说。 “我的意思是，您可能会猜出原因。 是洛斯阿拉莫斯。 我确定您熟悉曼哈顿项目。 我父亲在理论计算实验室里驾驶一艘紧凑的船从事炸弹仿真工作。 在真实爆炸之前，这些模拟是必不可少的，这样才能预测炸弹的爆炸力。 毋庸置疑，重要的是要有一个想法，一个准确的想法，就是这些炸弹在爆炸前将释放多少力以及多少吨的TNT等效能量。 这也很有趣……炸弹爆炸的许多建模都涉及流体动力学的使用。 毕竟，金属在极高的温度下会变成液体。”
在这一点上，我不禁想起了Karl的采访，尤其是当我问他关于他长大的地方时，他简单地回答说：“宾夕法尼亚州的雷丁。”不宜将Karl嘴-而戴维， ed口。 但是我确实开始看到它们之间的差异，实际上是相辅相成的。 戴夫似乎是有远见的。 他是个似乎对所有事情都有一点了解的人（尽管绝不是万事通；他是计算编程专家）。 在我们的采访过程中，我们涵盖了炸弹模拟，蛋白质模型谱系“竞争”，他与Karl在AMBER ff15ipq上的合作，摩尔定律以及对冲基金亿万富翁DE Shaw（最著名的超级计算机安东）的贡献。 一方面，我们讨论了肥胖病流行和美国医疗保健这一话题。 在我看来，戴夫（Dave）头脑敏捷，思维敏捷。 我以为，这在他对蛋白质模型的编码中帮助他很快地掌握了知识。
卡尔是分析师。 他对“您在哪里长大？”这个问题的简短，准确的回答反映了他的思想运作的精确方式。 我相信，这就是让Karl成为出色的编码器的原因：挖掘深度并系统地编写和编辑代码的能力，可以精确地解决当前的编码问题。 我也开始看到编码器不是千篇一律的刻板印象。 不同的人在编码领域有不同的优势。 如果卡尔是编码技术员，那么戴夫就是编码艺术家。
Karl和Dave是AMBER ff15ipq的开发人员。 但是许多其他开发人员先于他们，生产了基于其模型的AMBER模型。 所以几周后，我去了莉莲的办公室，问她是谁开通了AMBER生产线的。 她指着我的身后。
墙上挂着已故彼得·科尔曼（Peter Kollman）举行的纪念仪式的传单。 他是个大个子，戴着大眼镜，留着大胡子，笑嘻嘻的笑着。 他毫不费力地戴着微笑。 你可以看出他一直在微笑。
“他真的比生活大。 实际上，他高将近七英尺。”莉莲说。
“哇！”我再次看着他的照片，他那令人放心的微笑和亲切的眼睛也让我感到自己更大。
“每个人都爱他。 他去世时，参加他葬礼的人很多。 他对周围的每个人都产生了重大影响。 “他是我的顾问，在我离开之前一年就去世了。 现在在AMBER社区中，确实有一种大家都在继承自己的遗产的感觉。 他开始了什么。 他们牢记他的心意。”
“他听起来像个伟人。 一个男人的巨人。”
“但是你知道是什么使他很棒吗？ 从来没有关于他。 他非常关心周围的人。 他产生了这种奇怪的效果”，然后她回头看着我，“他可以走进一个房间，让每个人都感觉到自己最好。”
